Pascasarjana IAIN Sultan Amai Gorontalo secara historis-institusional resmi berdiri pada tahun 2011 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam nomor Dj.I/1813/2011 tanggal 15 Desember 2011 dengan Program Studi Pendidikan Agama Islam. Pada pada tahun 2012 Pascasarjana IAIN Sultan Amai Gorontalo menerima mahasiswa baru angkatan I sebanyak 43 orang, yang sistem pengelolaannya masih di bawah wewenang Pembantu Rektor I bidang Akademik, yaitu Dr. Moh. Fahri Yasin, M.Pd. Pada Periode 2013-2015 ditetapkan Direktur Pascasarjana IAIN Sultan Amai Gorontalo yang pertama yaitu Dr. Sofyan A.P. Kau, M.Ag., dan pada peroide 2015-2017 Direktur Pascasarjana adalah Dr. H. Lukman Arsyad, M.Pd. Saat ini Direktur Pascasarjana IAIN Sultan Amai Gorontalo Periode 2017-2021 adalah Dr. H. Kasim Yahiji, M.Ag. Pascasarjana telah membuka Program Studi Hukum Keluarga (Ahwal Syakhshiyyah) sesuai Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3662 Tahun 2015, Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) Tahun 2016 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor : 5401.
Prodi Magister Manajemen Pendidikan Islam (MPI) Pascasarjana IAIN Sultan Amai Gorontalo dibuka berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor : 5401 Tahun 2016 tentang Izin penyelenggaraan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam pada Program Magister Pascasarjana Institut Agama Islam Negeri Gorontalo, pada tanggal 27 September 2016.